تأسست الثانوية الأهلية الخاصة في طرطوس عام 1953 من قبل المربي الأستاذ فايز نايف اسطفان وذلك نزولاً عند رغبة أهالي وطلاب المحافظة وحاجتهم لمثل هذه المدرسة.

بدأت الثانوية بتدريس المرحلتين الاعدادية والثانوية من الصف الأول الاعدادي وحتى الصف الثالث الثانوي، وكان يوجد بها قسم داخلي حيث كان الطلاب يأتون من مناطق بعيدة كالقامشلي ودير الزور ومن لبنان الشقيق.

بدأت المدرسة بثلاث غرف ثم بستة غرف ثم ثمانية وذلك في منطقة اللحودية، بعدها تم شراء مبنى الثانوية المعروف على كورنيش البحر وظلت فيه إلى أن تم استملاك العقار المذكور، فانتقلت الثانوية إلى المبنى المجاور الذي كان منزلاً لصاحب الثانوية الأستاذ فايز اسطفان.

خرجت المدرسة خلال هذه الفترة الممتدة على أكثر من نصف قرن أجيالاً متلاحقة من الطلاب أغلبهم في مراكز المسؤولية، أطباء ومهندسين وقضاة وضباط.

استمرت الثانوية من نجاح لآخر حتى وفاة مؤسسها عام 1991، ومنذ ذلك التاريخ وحتى اليوم يتابع ابنه الأستاذ منذر اسطفان مسيرة والده في تطوير المكانة العلمية والثقافية للثانوية.